Pada tanggal 27 Februari 1993 berdasarkan Keputusan Menteri Pertahanan Rl nomor: Kep/01/1/1993, Fakultas Ekonomi disamping menyelenggarakan Jurusan Manajemen juga membuka dua jurusan baru yaitu Jurusan IImu Ekonomi dan Jurusan Akuntansi. Kegiatan akademik kedua jurusan dimulai pada tanggal 6 September 1993 dan dijadikan hari jadi kedua jurusan tersebut.

Tanggal 1 April 1995, UPN “Veteran” Yogyakarta beserta seluruh Fakultas dan jurusan yang dikelolanya beralih status dari Perguruan Tinggi Kedinasan (PTK) menjadi Perguruan Tinggi Swasta (PTS). Alih status ini dituangkan dalam surat keputusan bersama antara Menteri Pendidikan dan Kebudayaan dan Menteri Pertahanan Keamanan tanggal 29 November 1994 nomor: 0307/0/1994 / Kep/ 10/X1/ 1994.

Terhitung mulai tanggal 6 Oktober 2016 UPN “Veteran” Yogyakarta ditetapkan sebagai Perguruan Tinggi Negeri (PTN) berdasarkan Peraturan Presiden Nomor 121 Tahun 2014. Selanjutnya melalui Peraturan Menteri Riset, Teknologi, dan Pendidikan Tinggi Republik Indonesia Nomor 39 tahun 2015 Fakultas Ekonomi UPN "Veteran" Yogyakara resmi merjadi Fakultas Ekonomi dan Bisnis (FEB).